Le coronavirus responsable est parmi les virus que l’on connaît le mieux ! [1]

Les coronavirus sont une vaste famille, très répandus dans la nature dans toutes les espèces, essentiellement animales. Leur nom vient de leur enveloppe virale ayant l’apparence d’une couronne avec une frange de grandes projections bulbeuses. Ce sont des virus à ARN (moins stables que les virus à ADN mais beaucoup plus que les virus de la grippe avec leur génome à ARN fragmenté). Sept d’entre eux sont capables de donner des manifestations cliniques chez l’humain : quatre coronavirus (HKU1, HCoV-OC43, HCoV-NL63 and HCoV-229E) qui donnent des rhumes et les virus responsables du SARS-CoV-1, du SARS-CoV-2 et du MERS.

Avec une vitesse inédite, le virus SARS-CoV-2, qui fait une centaine de nanomètres de diamètre, a été isolé, son génome étant intégralement identifié le 10 janvier (publication chinoise le 03 février 2020 de Wu et al. dans la revue Nature 3). Ce virus à ARN possède un génome important de 30 000 bases. Son taux de mutation est relativement bas, en faisant un virus plutôt stable encore à l’heure actuelle [2] : on décrit sur des prélèvements de janvier et février 2020 l’apparition de la mutation D614G, qui est depuis fin juin trouvée dans tous les échantillons de SARS-CoV-2 mondiaux. On ne peut à ce jour rattacher cette mutation à une atténuation de la souche virale en termes de virulence.

3 www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3

La surveillance génomique [3] permet de mieux savoir comment le virus dissémine en temps réel. Le réseau ARTIC est un consortium international de chercheurs en universités ou instituts en Europe et aux États-Unis. Une analyse fine des changements dans le génome en temps réel contribue à la surveillance des chaînes de transmission, ce qui peut guider les mesures de contrôle.

La protéine S (pour spike) de surface [4] est la zone d’interaction avec le récepteur cellulaire humain (le human angio­tensin-converting[...]

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