Une des missions essentielles du laboratoire de microbiologie est la mise en évidence et l’identification de l’espèce bactérienne permettant l’optimisation de la prise en charge thérapeutique du patient par le clinicien, en adaptant le traitement antibiotique au profil de la bactérie. La mise en route précoce et efficace d’une antibiothérapie permet en effet de réduire la mortalité, en particulier chez les patients fragiles comme les enfants [1].

Classiquement, l’identification bactérienne repose sur l’aspect macroscopique des colonies en culture, l’examen microscopique (forme, coloration tinctoriale de Gram, mobilité), l’étude phénotypique et métabolique, notamment par galerie d’identification biochimique (galeries API). Ces dernières sont réalisables à partir d’une colonie et interprétables après 18-24 heures d’incubation. Néanmoins, il est parfois nécessaire de recourir à des tests biochimiques complémentaires. Lorsque les analyses précédentes n’ont abouti à aucun résultat ou que les résultats sont discordants, l’analyse génétique par biologie moléculaire peut être nécessaire pour identifier l’espèce et, dans ce cas, deux stratégies existent. D’abord la PCR universelle, qui cible le gène de l’ARN16S (composant du ribosome ­bactérien) et nécessite ensuite une étape de séquençage, ou la PCR spécifique dirigée sur des gènes cibles caractéristiques de certaines espèces bactériennes. Cependant, le nombre important de manipulations, le coût ainsi que le délai entre le prélèvement et l’identification microbiologique avec les techniques d’identification classiques ont incité les laboratoires à développer de nouvelles stratégies plus rapides. D’abord réservée à la pharmaco-toxicologie et la biochimie pour l’analyse de protéines complexes, la spectrométrie de masse, dont le MALDI-TOF MS, a fait son entrée dans les laboratoires de microbiologie dans les années 2010 pour l’identification d’espèces bactériennes, mais aussi fongiques. Le MALDI-TOF MS se démocratise peu à peu et remplace maintenant les techniques traditionnelles.

Principe

L’empreinte spectrale (ou spectre) d’un micro-organisme donné est spécifique de l’espèce. Le principe repose sur la comparaison du spectre du germe à identifier à ceux contenus dans une banque de données. Ces[...]

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