Ces dernières années ont mis en lumière le rôle du microbiote intestinal du nourrisson dans la santé de l’enfant. La colonisation microbienne débute à la naissance, sous l’influence de trois facteurs déterminants : la voie d’accouchement, l’allaitement maternel et l’exposition aux antibiotiques. Une dysbiose précoce peut engager des trajectoires défavorables à long terme, notamment en matière d’obésité, d’allergies et de maladies inflammatoires, d’où l’importance d’une fenêtre d’opportunité dans les premières semaines de vie. Les stratégies de modulation disponibles – probiotiques, prébiotiques, synbiotiques et postbiotiques – nécessitent de s’appuyer sur des preuves souche-spécifiques et indication-spécifiques, conformément aux recommandations de la Société européenne de gastro-entérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques (ESPGHAN), sachant qu’une vigilance particulière est requise quant à la qualité réelle des produits commerciaux. Enfin, les perspectives thérapeutiques d’intervention sur le microbiote intestinal reposent sur la prochaine génération de probiotiques et la médecine personnalisée du microbiome.