Composition et installation du microbiote intestinal

Le microbiote intestinal correspond à l’ensemble des microorganismes du tractus digestif. Ce microbiote est composé de plus de 1013 microorganismes au total qui se répartissent en différentes populations, atteignant jusqu’à 1012 UFC (unités formant colonies)/g de selles dans le côlon distal. En globalité, la population des microorganismes du microbiote intestinal serait au moins équivalente au nombre de cellules eucaryotes dans notre organisme (3,0  1013 cellules chez un adulte de 70 kg de 20-30 ans) [1]. Le microbiote intestinal est particulièrement dense si on le compare à d’autres écosystèmes du corps humain (comme celui de la peau ou du poumon). Étant donné la dominance des bactéries dans le microbiote intestinal, la revue va se concentrer sur ces dernières, d’autant plus que les données sur les autres micro­organismes comme les virus, les levures et les phages sont moins fournies dans le domaine de l’allergie alimentaire.

Ces bactéries sont réparties en 5 phyla majoritaires chez l’adulte sain :
– phylum Firmicutes : représentant 60 à 80 % des bactéries et incluant les genres Eubacterium, Ruminococcus et Clostridium, dont l’espèce très étudiée Faecalibacterium prausnitzii ;
– phylum Bacteroidetes : 20 à 40 % des bactéries et incluant les genres Prevotella et Bacteroides, dont les espèces très étudiées Bacteroides thetaiotaomicron et Bacteroides fragilis ;
– phylum Proteobacteria : < 2 % des bactéries et incluant les entérobactéries, dont l’espèce très étudiée Escherichia coli ;
– phylum Verrucomicrobia : < 10 % des bactéries et incluant l’espèce très étudiée Akkermansia muciniphila ;
– phylum Actinobacteria : < 10 % des bactéries et incluant les Bifidobacterium, dont l’espèce très étudiée Bifidobacterium infantis.

L’importance fonctionnelle des différentes familles/espèces/souches reste encore difficile à comprendre.[...]

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