Avec l’avènement des techniques de biologie moléculaire et de séquençage à haut débit deux notions apparaissent à la fin du xxe siècle : le microbiote et le microbiome. Le microbiote, représente l’ensemble des organismes microbiens dans un environnement défini, tel que l’appareil respiratoire. Le microbiome représente quant à lui l’ensemble des organismes microbiens composant le microbiote, ainsi que leurs gènes, dans un environnement défini et avec lequel ils interagissent. Certaines espèces précédemment considérées comme exclusivement pathogènes sont identifiées dans la flore cutanée, intestinale ou pulmonaire de patients sains. La notion de mutualisme entre l’hôte et la flore devient la règle et seul un très faible échantillon d’espèces peut être réellement considéré comme exclusivement pathogène [1]. Ainsi, au même titre que le microbiote digestif, le concept de microbiote respiratoire apparaît. La genèse du microbiote respiratoire est étudiée de la naissance à l’âge adulte ainsi que son interaction avec l’environnement normal ou pathologique.

Méthodes d’analyse et caractéristiques du microbiote respiratoire

1. Étude chez l’homme et modèle animal

L’analyse du microbiote respiratoire pose[...]

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