L’actualité en infectiologie en 2020 a été sans nul doute marquée (voire monopolisée) par la pandémie liée au SARS-CoV-2. En décembre 2019, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) est alertée à propos de cas de pneumonies sévères en Chine dans la ville de Wuhan. Le virus responsable est secondairement identifié comme étant un nouveau coronavirus appelé SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrom Coronavirus 2).
La maladie associée à ce virus est nommée la COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019) [1]. Le caractère zoonotique de ce virus est suspecté devant les résultats de l’enquête épidémiologique autour des premiers cas, retrouvant une origine de l’épidémie dans un marché de Wuhan où la promiscuité avec les animaux est importante. En juillet, des analyses de 1 200 coronavirus retrouvés dans des chauve-souris en Chine permettent d’identifier un virus très proche (RATG13) avec une homologie de 96 % dans la chauve-souris fer à cheval de la province du Yunnan [2]. Cependant, les 4 % de différence entre les 2 génomes, traduisant plusieurs années d’évolution, font émettre l’hypothèse d’un hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme, à l’instar du SARS-CoV transmit de la chauve-souris à l’homme via la civelle ou du MERS-CoV transmit de la chauve-souris à l’homme via le chameau.