Plusieurs études, dont un essai randomisé publié en 2013, ont démontré que la transplantation de microbiote fécal est efficace pour mettre fin aux infections récidivantes à Clostridium difficile. Cette pratique est donc validée dans cette indication par les Sociétés d’experts européennes et nord-américaines. Il s’agit actuellement de la seule indication de transplantation de microbiote fécal réalisée dans le cadre du soin. Compte tenu des modifications du microbiote intestinal retrouvées dans un grand nombre de pathologies, la transplantation d e microbiote fécal suscite beaucoup d’intérêt depuis quelques années.
Que ce soit dans les maladies inflammatoires chroniques intestinales, dans les troubles fonctionnels intestinaux ou dans le syndrome métabolique, les données sont cependant encore insuffisantes pour sa réalisation en dehors d’essais cliniques. De plus, une harmonisation des pratiques et une meilleure connaissance des effets à long terme sont nécessaires pour son utilisation notamment chez l’enfant.